牛、羊粪中不仅含有丰富的营养成分，也含有部分有害物质。未经处理的牛粪中含有马尿酸等物质，马尿酸对植物的根系有害，未经发酵腐熟的肥料投入到农业中，将消耗作物根际土壤中的氧和烧伤作物根系。
有机肥发酵腐熟基本指标：
1、 松散度 生物发酵法从发酵的第四天开始松散，呈碎末状。
2、 气味 生物发酵法从第2天开始臭味减轻，第4天基本消失，第5天消失，第7天散发泥土的清香。
3、 温度 生物发酵法第2天达到高温阶段，到7天开始回落。保持较长时间的高温阶段，发酵腐熟。
4、 PH值 生物发酵法PH值达到6.5。
5、 含水率 发酵原料初始含水率55%，生物发酵法含水率可降到30%。
6、 铵态氮（NH4+-N） 发酵开始时，铵态氮的含量迅速增加，在第4天时达到，这是因为氨化作用以及有机氮的矿化作用引起的，随后堆肥中的铵态氮由于挥发损失及转化成为硝态氮而逐渐减少。当铵态氮小于400mg/kg达到腐熟标志。生物发酵法铵态氮含量可降低到215mg/kg左右。
7、 碳氮比 堆肥碳氮C/N比达到20以下，就达到腐熟指标。
8、 大肠杆菌数和蛔虫卵死亡率。粪大肠菌群数≤ 100个/克（mL）蛔虫卵死亡率≥ 95%
9、 种子发芽率 生物法发酵法发酵的牛、羊粪发芽率达到80%以上。
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