有机肥料的生产一般都必须经过堆肥发酵过程。堆肥是在一定条件下通过微生物的作用，使有机物不断被降解和稳定，并产出一种适宜于土地利用的产品的过程。
堆肥这种古老而简便的处理有机废弃物和制造肥料的方法，随着研究的深入和方法的改进，其应用很受各个国家的重视，因为它有很好的生态意义，也为农业生产带来效益。有许多报道指出，用腐熟堆肥制备种子苗床能抑制土传病害。并且在堆肥过程的高温阶段过后接踵而来的拮抗性细菌，可使菌数达到很高水平；堆肥过程中各有机物在微生物作用下，达到不易分解、稳定、作物易吸收状态；同时微生物作用在一定范围内减少重金属毒害作用。可见，堆肥是制造生物有机肥的简便而有效的方法，有益于生态农业的发展。
我国国内大多数有机肥料产品只堆肥发酵15-20天，这样的产品只能达到无害化标准。而优质的有机肥料堆肥发酵过程一般需要45-60天的时间。
这是因为在堆肥前期的升温阶段以及高温阶段会杀死植物致病病原菌、虫卵、杂草籽等有害微生物，但此过程中微生物的主要作用是新陈代谢、繁殖，而只产生很少量的代谢产物，并且这些代谢产物不稳定也不易被植物吸收。到后期的降温期，微生物才会进行有机物的腐殖质化，并在此过程中产生大量有益于植物生长吸收的代谢产物，这个过程需要45-60天。
经此过程的堆肥可以达到三个目的，一是无害化；二是腐殖质化；三是大量微生物代谢产物如各种抗生素、蛋白类物质等。
那么有机肥堆肥需要什么设备呢?
堆肥设备包括原料处理、翻堆、混合等设备。
1、破碎设备。破碎的目的是把秸秆、蘑菇棒等大块物料粉碎到处理工艺所要求的大致均匀的形状和尺寸。在堆肥过程中，大尺寸物料经粉碎得到颗粒均匀的物料，使其中有机物的表面积增加可以有效促进有机物的好氧分解，缩短堆肥发酵周期，同时也保证堆肥产品的颗粒要求。破碎设备主要有锤片式粉碎机、链条式粉碎机、切割机等。
2、翻堆设备。翻堆设备主要有轮式行走翻堆机、螺旋式翻堆机(深槽好氧发酵搅拌设备)、链板式翻堆机、铣盘式翻堆机等类型。目前，在许多畜禽养殖场运用比较多的有深槽好氧发酵搅拌翻堆机。
3、混合设备。混合设备主要有斗式装载机、转鼓混合机、搅拌机等。混合设备的性能直接影响发酵原料的混合均匀度，这关系到堆肥过程能否顺利进行。在小规模堆肥厂，斗式装载机由于其功能比较多、价格比较低等优点被广泛采用。
4、输送设备。堆肥厂的输送设备主要是用于堆肥厂内物料的提升与搬运。它用来完成新鲜粪便、堆成品和废渣的运输。堆肥厂内的运输传动形式有很多种，关键在于合理选择，这是确保工艺流程的实施、提高畜禽粪便处理效率、实现堆肥厂机械化、自动化的有效保障。同时它也是降低工程造价和工厂运行成本的重要环节。
堆肥厂常用的运输设备有板式输送机、皮带输送机、斗式提升机、螺旋输送机等。
5、筛分设备。筛选设备是用来将发酵产品中各组分进行分类的机械装置，如畜禽粪便中的石头、没有发酵完全的秸秆等物料，以提高有机肥的商品品质。常用的筛选设备有滚筒筛、振动筛等。
如何保养有机肥设备:
(1)严格遵守操作规程，防止和避免破坏性的操作，防止和避免超负荷运行：大多的有机肥设备问题是由于操作不当或者保养不到位导致的，规范员工行为的意义就是防止和减少这类简单原因导致的有机肥设备问题;
(2)纠正有缺陷的设计，对有机肥设备设计制造缺陷进行附带改善的主动性维修;
(3)防止人为劣化，避免人为损坏，防止损坏性维修;
(4)控制任何非正常的外部条件，控制对有机肥设备劣化的加速因素作用。
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