科学合理的发酵可以增进抗病有机物在发酵进程中伴同着微生物大批的滋生和一系列庞杂的生物化学反应，微生物在滋生进程中产生大批的特效代谢物质，如激素、抗生素、自身免疫物质，能够增进作物快捷生长发育，抑制泥土病害的传播，提高作物抗病抗逆的能力。而不经过发酵解决的有机肥不仅没有上述有点，因为自身携带的病毒细菌还成为作物病害的主要起源。
使用有机肥发酵翻堆机过程的注意事项：
1、确保发酵台底部通风供氧；
2、农家肥堆捂的堆体高0.8—1.5米，堆宽1.5－２.0米为宜长度可依农家肥多少而定，堆肥的体积太小不利升温发酵和彻底腐熟。
3、若农家肥时间太久或秸秆太多，发酵时需加入新鲜粪便进行调节；
4、堆好的粪堆加盖覆盖物，以免风干表面的农家肥不能彻底发酵；
5、自然发酵过的农家肥需经过相应调节才可进行二次发酵；
有机肥原料加工发酵小贴士：
（一）用杂草、农作物秸杆发酵（12-15天左右可腐熟）：
用粉碎或剁碎杂草、农作物秸杆（一般长度3—5厘米），可用40%的粪水或沼渣沼液调节；也可用2%的尿素（含氮量46%）或等比含氮肥量复合肥进行调节；还可以按重量比3：1-4：1加入新鲜畜禽粪便进行调节。
（二）用纯粪便发酵（12-15天左右可腐熟）：
可以加入粉碎(剁碎)的杂草、农作物秸杆发酵、调节堆肥水份在55%--60%左右为宜，常用添加重量比例为3：14：1进行调节发酵。
（三）用厩肥发酵（15天左右可腐熟）：
可直接将菌种扩充体积后，均匀的在圈舍内撤一层，搅拌一下，直接堆放到发酵平台上即可，重复操作即可，若水份偏大可在圈舍内加入适量碎的干辅料加以调节。
有机肥设备首次使用需要注意事项分为以下四点：
1、新设备各部件还没有磨合，可能会出现卡顿，操作人员在初次使用时，需要对设备升温，先将温度升到用手拉动电机三角带直至自如，将电机按照正常工作选项连接拉动8-10次，逐步升温，大约需要40-50分钟。
2、除了初步的调温，有机肥设备开机后还需要继续加温，补充热量，同时，还要根据不同性质的物料，调节至不同的温度。
3、正常工作时，机温要保持稳定，不要忽高忽低。放气孔附近，直到机头部位温度要保持200度左右，此温度下，一般可以对大多数物料有一个很好的处理加工。
4、停机时，操作人员要彻底切断电源，并把设备机头带扳手的部件取下来，等待下一次使用前单独预热。
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