一、发热阶段 堆肥制作初期，堆肥中的微生物以中温、好气性的种类为主，多见的是无芽孢细菌、芽孢细菌和霉菌。它们启动堆肥的发酵过程，在好气性条件下旺盛剖释易剖释有机物质 （如简单糖类、 淀粉、 卵白质等） 产生大批的热 ， 不断进步堆肥温度， 20℃左右上升至 40℃， 从称为发热阶段，或中温阶段。
二、高温阶段 跟着温度的进步， 好热性的微生物渐渐取代中温性的种类而起主导作用， 温度连接上升，一般在几天以内即达 50℃以上，进入高温阶段。在高温阶段，好热放线菌和好热真 菌成为主要种类。它们对堆肥中复杂的有机物质（如纤维素、半纤维素、果胶物质等）进行强烈 剖释，热量积累，堆肥温度上升至 60-70℃，乃至可高达 80℃。随即大无数好热性微生物也大批 殒命或进入休眠状况（20度以上），这对加快堆肥的腐熟有很重要的作用。堆肥不当的堆肥，只 有很短的高温期，或者基础达不到高温，因而腐熟很慢，在半年或者更长时期内还达不到半腐熟 状况。
三、降温阶段 当高温阶段连接势必时间后，纤维素、半纤维素、果胶物质大片面已被剖释，剩下很难剖释的复杂成分（如木质素）和新形成的腐殖质，微生物的活动减弱，温度渐渐下降。 当温度下降到 40℃以下时，中温性微生物又成为优势种类 如果降温阶段来的早，表明堆制条件不够理想，植物性物质剖释不充分。这时可以翻堆，将聚积材料拌匀，使之产生二次发热、升温，以促进堆肥的腐熟。
四、腐熟保肥阶段堆肥腐熟后，体积收缩，堆温下降至稍高于气温，这时应将堆肥压紧，造成厌气状况，使有机质矿化作用减弱，以利于保肥。
简而言之，有机堆肥的发酵过程实际上即是各种微生物新陈代谢、繁殖的过程。微生物的新 陈代谢过程即有机物剖释的过程。有机物剖释势必会产生能量，这些能量推进了堆肥化历程，使温度升高，同时还可干燥湿基质。 许多堆肥用的基质佩戴人类、动植物的病原体，以及令人讨厌的生物如杂草种子
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